增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证，又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明，是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
增值税专用发票与普通发票不同，不仅具有商事凭证的作用，而且由于实行凭发票注明税款扣税，购货方要向销货方支付增值税，因此它还具有完税凭证的作用。更重要的是，增值税专用发票将一个产品的最初生产到最终的消费之间各环节联系起来，保持了税赋的完整，体现了增值税的作用。税务局的征管是“以票控税”,金税工程的起因和核心，就是要控制增值税发票风险。
一什么情况下增值税专用发票可以作废？
一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理增值税普通发票和专用发票的区别；开具时发现有误的，可即时作废。
符合作废条件，是指同时具有以下情形增值税普通发票和专用发票的区别：
（一）收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月增值税普通发票和专用发票的区别；
（二）销售方未抄税并且未记账（这里所称抄税，是报税前用IC卡或者IC卡和软盘抄取开票数据电文）；
（三）购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”.
作废专用发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票（含未打印的专用发票）各联次上注明“作废”字样，全联次留存。
小规模纳税人代开专用发票遇有销货退回、销售折让及发票填开错误等情形的，如果纳税人退回代开专用发票的全部联次，且退票发生在开票当月，税务机关可对开具的专用发票进行作废；在未收回专用发票抵扣联及发票联，或虽已收回专用发票抵扣联及发票联但购货方已将专用发票抵扣联报送税务机关认证的情况下，一律不得作废已开具的专用发票。
二作废代开的专用发票后，如何重新开具？
税务机关代开专用发票时填写有误的，应及时在防伪税控代开票系统中作废，重新开具。代开专用发票后发生退票的，税务机关应按照增值税一般纳税人作废或开具负数专用发票的有关规定进行处理。对需要重新开票的，代开的税务机关应同时进行新开票税额与原开票税额的清算，多退少补；对无需重新开票的，代开税务机关应按关规定退还增值税纳税人已缴的税款或抵顶下期正常申报税款。
三作废代开的专用发票后，已纳税款如何处理？
小规模纳税人代开的发票作废或冲红之后，已预缴的税款可以用于抵减当季度内新代开发票需预缴的税款，也可在当月直接办理退税，或者在季度申报结算后产生“应退税额”时再申请退税。
案例
问题一：我公司是增值税一般纳税人。上个月，由于财务人员一时疏忽，错开了一份增值税专用发票。增值税专用发票开错后，尚未收回发票的抵扣联和发票联是否可以作废？
答：增值税专用发票开错后，尚未收回发票的抵扣联和发票联不可以作废。
问题二：我单位收到供货方开出增值税专用发票，我公司已经进行了认证，但对方把此发票做废了，现在已过月了，这种情况我公司应如何处理？有没有相关的规定？
答：销货方可能严重违反了《发票管理办法》，在发票联次不齐全的情况下作废发票。
第一种处理方法：
1、只要还在当月，增值税普通发票和专用发票的区别你们作为购货方可以到税务机关申请将已认证又作废的发票信息进行删除；
2、如果次月才发现已认证发票被作废，应在申报表（二）中减除已作废的认证发票金额税额，不予抵扣；
3、此发票在销货方抄报税后，会出现在国税局异常数据库中，购销双方可能都要面临一定金额的罚款，以后购货方可以考虑次月认证收到的当月开具的发票来避免此类问题。
第二种处理方法：
1、你们方已将发票认证，信息已上传，无法删除，而对方却误作废，稽核系统将出现比对不符，总局将肯定会通过《增值税抵扣凭证审核检查管理系统》下发核查信息给购货方的主管税务机关核实原因的；
2、因为纳税义务已发生，销售方应将误作废发票相关的收入，作为“未开票收入”如实申报交税；
3、如果购货方已将该发票申报抵扣，按规定，其主管税务机关应通过《增值税抵扣凭证审核检查管理系统》向销售方主管税务机关发出协查信息；
4、销售方主管税务机关到销售方实地核实发票作废原因以及抄报税情况，并通过系统回函购货方主管税务机关。购货方主管税务机关视回函情况依法进行处理；
5、按规定：如果销售方是误操作作废并已如实申报交税的，则购货方可以将发票抵扣进项税额，不需要转出，也不需要重开发票了。如果不同时符合“误操作作废并已如实申报交税”的条件，主管税务机关将要求购货方必须作进项转出处理，购货方在补税后可要求销售方重开发票，这样也可以堵住销售方少交税的漏洞，所以销售方如实交税很重要。
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